Sim, é chamado de backup incremental em vez de backup diferencial
(corrija-me se estiver fazendo uma suposição errada)

usar log binário (log sql de replicação)

• http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.1/en/backup-methods.html
• http://dev. mysql.com/doc/refman/5.1/en/point-in-time-recovery.html

em poucas palavras, o log binário contém uma lista de gravação sql (inserir, excluir, atualizar, alterar tabela ...) e executar essas instruções sequencialmente fornecerá uma atualização incremental (que é o que a replicação faz)