Acabei de me deparar com o mesmo problema e descobri que era porque o módulo foi instalado em:
./node_modules/node-mysql/node_modules/
Então, eu apenas movi todos eles:
mv ./node_modules/node-mysql/node_modules/* ./node_modules/
./node_modules/node-mysql/node_modules/
mv ./node_modules/node-mysql/node_modules/* ./node_modules/