Eu tive o mesmo problema:
- Vá para o painel do RDS e clique em Grupos de parâmetros .
- Clique em Criar grupo de parâmetros de banco de dados , nomeie-o como 'LargeImport' (certificando-se de que a família de grupos de parâmetros de banco de dados que você selecionou corresponde à versão da sua instância) e edite os parâmetros.
- Aumente o 'max_allowed_packet ' em 'LargeImport' para acomodar o tamanho da importação (os valores válidos são 1024-1073741824).
- Aumente o 'wait_timeout ' para acomodar o tamanho da importação. (Os valores válidos são 1-31536000 segundos).
- Salve suas alterações.
- Clique em Instâncias na coluna da esquerda e selecione sua instância.
- Clique em Ações da instância e escolha Modificar .
- Alterar o grupo de parâmetros ao seu novo grupo 'LargeImport' e clique em Continuar .
- Clique em 'Modificar instância de banco de dados'.
- Depois que a alteração for concluída, clique em Ações da instância novamente e reinicie sua instância.
Depois que sua instância for reinicializada, você poderá fazer importações sql maiores.
Depois de concluir a importação, alterne o grupo de parâmetros da instância de volta para o grupo de parâmetros padrão e reinicie-o novamente.
Espero que isto ajude.