Eu também tive que mudar para PyMySQL. Estou executando o pip 1.5.6, Python 2.7.8 e tentei o mysql-connector 2.0.1
Consegui executar a consulta no Sequel Pro sem problemas, mas minha consulta Python falharia com o erro descrito na pergunta depois de retornar apenas um subconjunto de resultados.
Mudou para PyMySQL e as coisas funcionam como esperado.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
No ambiente virtual:
pip install pymysql
No código:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Definitivamente um bug no mysql-connector-python.
