Alterar
MsSqlConfiguration.MsSql2005 , para MySqlConfiguration.Standard , foi a única coisa com que contribuí para o projeto. Exemplo:
Fluently.Configure().Database(
MySqlConfiguration.Standard.ConnectionString(
c => c.FromConnectionStringWithKey("ConnectionString")
)
)
.Mappings(m => m.FluentMappings.AddFromAssemblyOf<MyAutofacModule>())
.BuildSessionFactory())