Eu acho que você pode executar instruções MySQL a partir de um arquivo de texto, por exemplo
aqui está o arquivo cmds.txt que contém os comandos do MySQL:
select colA from TableA;
select colB from TableB;
select colC from TableC;
Para executá-los usando script de shell, digite
mysql -h$host -u$user -p$password db_dbname < cmds.txt
Dessa forma, você separa seus comandos MySQL de seu script de shell.
Você pode querer que seu script exiba informações de progresso para você. Para isso você pode invocar o mysql com a opção "--verbose".
Para obter mais informações, consulte https://dev. mysql.com/doc/refman/5.6/en/mysql-batch-commands.html