Para o Innodb, o tamanho da transação será limitado pelo tamanho do redo log (ib_logfile*), portanto, se você planeja confirmar transações muito grandes, certifique-se de definir innodb_log_file_size=256M ou mais. A desvantagem é que levará mais tempo para se recuperar em caso de falha.
Mas, para registro, os funcionários da Innobase recomendam manter suas transações curtas