basta adicionar cláusula tendo
SELECT userId, COUNT(DISTINCT webpageId) AS count
FROM visits
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1
mas se você apenas o que o
ID SELECT userId
FROM visits
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1
o motivo pelo qual você está filtrando em
HAVING cláusula e não em WHERE é porque, WHERE cláusula não pode suportar colunas que foram agregadas . 
