Seu problema de desempenho é provavelmente causado pela junção com a tabela 'term_taxonomy'.
Todas as outras junções parecem usar a chave primária (onde você provavelmente tem índices de trabalho).
Então, minha sugestão é adicionar um índice composto em term_taxonomy_id e term_id (ou se for necessário:taxonomia ). Assim:
CREATE UNIQUE INDEX idx_term_taxonomy_id_taxonomy
ON term_taxonomy( term_taxonomy_id, taxonomy);
Espero que isso irá ajudá-lo.
