Eu tive esse problema com meu servidor OTRS depois que tentei atualizar um pacote grande.
A solução foi:
cópia para segurança:
cp /var/lock/subsys/mysqld /root/mysqld
do que deletar
rm /var/lock/subsys/mysqld
do que fechar todos os serviços que dependem do mysql:
service httpd stop
service otrs stop
depois disso:
service mysqld restart
service httpd restart
service otrs restart
O sistema é CentOS 6.x
