Sim, você pode trocar os motores como roupas íntimas usadas, se quiser, sem muitos problemas. Basta alterá-lo no phpmyadmin.

Mas eu não mudaria por mudar. Você precisa usar chaves estrangeiras? Mude. Você precisa de bloqueio em nível de linha em vez de bloqueio de tabela? Mude.

Vale a pena notar que também existem boas razões para usar o MyISAM. Dê uma olhada na indexação FULLTEXT. Você não pode fazer isso com o InnoDB.

ATUALIZAÇÃO

A partir do MySQL 5.6 FULLTEXT também foi implementado para tabelas InnoDB. Aqui está o manual .