Às vezes, se você vir "OperationalError:(2006, 'MySQL server has been away')", é porque você está emitindo uma consulta muito grande. Isso pode acontecer, por exemplo, se você estiver armazenando suas sessões no MySQL e tentando colocar algo realmente grande na sessão. Para corrigir o problema, você precisa aumentar o valor da configuração max_allowed_packet no MySQL.
O valor padrão é 1048576.
Então veja o valor atual para o padrão, execute o seguinte SQL:
select @@max_allowed_packet;
Para definir temporariamente um novo valor, execute o seguinte SQL:
set global max_allowed_packet=10485760;
Para corrigir o problema de forma mais permanente, crie um arquivo /etc/my.cnf com pelo menos o seguinte:
[mysqld]
max_allowed_packet = 16M
Após editar /etc/my.cnf, você precisará reiniciar o MySQL ou reiniciar sua máquina se não souber como.