Eu acho que realmente depende da implementação, mas você pode ter uma ideia das diferenças examinando as fontes do MySQLdb. Dependendo das opções, mysqldb fetch* mantém o conjunto atual de linhas na memória ou no lado do servidor, então fetchmany vs fetchone tem alguma flexibilidade aqui para saber o que manter na memória (do python) e o que manter no lado do servidor db.

O PEP 249 não fornece muitos detalhes, então acho que isso é para otimizar as coisas, dependendo do banco de dados, enquanto a semântica exata é definida pela implementação.