É seguro aumentar o tamanho da sua coluna varchar. Você não vai corromper seus dados.
Se isso ajudar a sua tranquilidade, lembre-se de que você pode sempre executar um backup de banco de dados antes de alterar suas estruturas de dados .
A propósito, a sintaxe correta é:
ALTER TABLE table_name MODIFY col_name VARCHAR(10000)
Além disso, se a coluna anteriormente permitia/não permitia nulos, você deve adicionar a sintaxe apropriada ao final da instrução alter table, após o tipo de coluna.