Incluindo a classificação de filhos por id:
ORDER BY COALESCE(parent, id), parent IS NOT NULL, id
Exemplo do SQL Fiddle
Explicação:
COALESCE(parent, id)
:primeiro classifique (agrupando efetivamente) o ID do pai.parent IS NOT NULL
:coloque a linha pai no topo do grupoid
:Finalmente ordenar todos os filhos (mesmo pai eparent
não é nulo)