Parece que você está no Windows:o erro ENFILE basicamente diz que você tem muitos arquivos abertos. Não tenho certeza de como exatamente você contorna isso: em geral, está em algum lugar entre 512 e 2048 em um processo .

Sugiro talvez mover todos os arquivos para fora do diretório de dados do MySQL e tentar recuperá-los um por um.