Antigamente, o primeiro era mais rápido, mas isso não é mais verdade. Eu pessoalmente acho que o INNER JOIN é melhor, porque é mais legível. Mostra melhor as relações entre a tabela. Você tem essas relações na junção e faz a filtragem na cláusula WHERE. Essa separação torna a consulta mais legível. Mas isso é uma questão de gosto pessoal.