Este tem sido o comportamento padrão desde o MySQL 5.1.22.

Você pode definir a variável de configuração innodb_autoinc_lock_mode para 0 (também conhecido como modo de bloqueio “tradicional”) Se você quiser evitar lacunas em suas colunas de incremento automático. No entanto, pode haver uma penalidade de desempenho, pois esse modo tem o efeito de manter um bloqueio de tabela até que o INSERT completa.

Dos documentos em Modos de bloqueio do InnoDB AUTO_INCREMENT :