Depois de mais pesquisas (leia pesquisando frenética), encontrei o problema e solução aqui
A linha inferior, quando o site A aceita uma solicitação, o php carrega suas variáveis .env para todo o comprimento da solicitação http. Durante essa solicitação, quando o site A chama o site B, já que eles estão no mesmo servidor executando o mesmo php, o php ainda está usando o .env do site A e não carrega separadamente o arquivo .env do site B.
A melhor explicação do autor: