Já encontrou uma solução para isso?
O código abaixo funciona para marcar um pedido como concluído, mas não executa outras ações conforme você descreve no admin
// create a new checkout instance and order id
$checkout = new WC_Checkout();
$this_order_id = $checkout->create_order();
$order = new WC_Order($this_order_id);
$order->update_status('completed');
