Uma opção é apenas marcar o horário antes da consulta e o carimbo de data e hora após a consulta e verificar a diferença assim:
// get a timestamp before running the query
var pre_query = new Date().getTime();
// run the job
connection.query(query, function(err, rows, fields) {
// get a timestamp after running the query
var post_query = new Date().getTime();
// calculate the duration in seconds
var duration = (post_query - pre_query) / 1000;
});