PHP:Drop down dinâmico com optgroup

Os dois loops for não estão aninhados em seu código:

foreach ($groups as $label => $opt) { ?>
    <optgroup label="<?php echo $label; ?>">
<?php   } <-- wrong here
    foreach ($groups[$label] as $id => $name) { ?>
        <option value="<?php echo $id; ?>"><?php echo $name; ?></option>
<?php } ?>

O resultado é que primeiro todos os grupos opt são criados e então os funcionários do último grupo são adicionados (porque $label e $opt também estão disponíveis após a conclusão do loop).

Você precisa aninhar os loops (usando sintaxe alternativa para controle estruturas ):

<?php foreach($groups as $label => $opt): ?>
    <optgroup label="<?php echo $label; ?>">
    <?php foreach ($opt as $id => $name): ?>
        <option value="<?php echo $id; ?>"><?php echo $name; ?></option>
    <?php endforeach; ?>
    </optgroup>
<?php endforeach; ?>

Além disso, acho que você precisa usar o emp_id , não o grp_id ao criar a matriz:

while ($qa = $employees->GetRows()) {
    $groups[$qa['groupname']][$qa['emp_id']] = $qa['empname'];
}