Você deve configurar uma chave composta entre os dois campos. Isso exigirá um stone_id e upcharge_title exclusivos para cada linha.
No que diz respeito a encontrar as duplicatas existentes, tente isto:
select stone_id,
upcharge_title,
count(*)
from your_table
group by stone_id,
upcharge_title
having count(*) > 1
