Ambas as tabelas são do tipo InnoDB?
A tabela da empresa tem um índice em company_id ?
Eu acho que sua tabela é MyISAM (o padrão se você não alterou a configuração) e você não pode criar restrições de chave estrangeira no MyISAM. Veja a descrição do CREATE TABLE para suas duas tabelas.
Se ambas as tabelas estiverem vazias, elimine-as e recrie-as, escolhendo InnoDB como mecanismo. Você também pode adicionar as restrições FOREIGN KEY no(s) script(s) de criação de tabelas.
Do MySQL Manual de referência :
@egervari:O que acontece se você executar isso:
CREATE TABLE `test` (
`company_id` bigint(20) NOT NULL,
`module_id` bigint(20) NOT NULL,
KEY (`module_id`),
KEY (`company_id`),
CONSTRAINT `test_fk_module`
FOREIGN KEY (`module_id`)
REFERENCES `module` (`module_id`),
CONSTRAINT `test_fk_company`
FOREIGN KEY (`company_id`)
REFERENCES `company` (`company_id`)
ON DELETE RESTRICT
ON UPDATE RESTRICT
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 ;
E se você executar:
ALTER TABLE `company_to_module`
ADD CONSTRAINT `company_to_module_fk_company`
FOREIGN KEY (`company_id`)
REFERENCES `company` (`company_id`)
ON DELETE RESTRICT
ON UPDATE RESTRICT;