Sua tarefa parece bem simples
ao invés de
->where_in('App.id',$subquery) //<-- Here is the problem
você pode tentar o seguinte
->where("App.id IN (".$subquery.")",NULL, false)
->where_in('App.id',$subquery) //<-- Here is the problem
->where("App.id IN (".$subquery.")",NULL, false)
Não é possível usar um predicado CONTAINS ou FREETEXT na tabela ou exibição indexada porque não é indexado em texto completo
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