Existem vários pacotes disponíveis para esta tarefa:

Pera :http://pear.php.net/package/SQL_Parser (ainda relativamente novo)

txtSQL :http://sourceforge.net/projects/txtsql

PHP-SQL-Parse :http://code.google.com/p/php-sql-parser / (como mencionado pelo OP). Este parece ser o mais robusto desses três (certamente o mais bem documentado)