Mysql
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Como combinar funções agregadas no MySQL?


Você tem que usar subconsultas:
  SELECT x.user, 
         AVG(x.cnt)
    FROM (SELECT user, COUNT(answer) AS cnt
            FROM surveyValues 
           WHERE study='a1' 
        GROUP BY user) x
GROUP BY x.user

Você não pode envolver um agregado com outro agregado. Você poderia envolver uma análise em um agregado, se o MySQL suportasse funções de análise/classificação/janela ...