Você está reinventando a roda. Confira o mysqlimport ferramenta, que vem com o MySQL. É uma ferramenta eficiente para importar arquivos de dados CSV.

mysqlimport é uma interface de linha de comando para o LOAD DATA LOCAL INFILE instrução SQL.

Qualquer um deve ser executado 10 a 20 vezes mais rápido do que INSERT linha por linha.