Até onde eu sei, a menos que você esteja usando conexões persistentes, sua conexão MySQL será fechada no final da execução da página.

Portanto, você chamar desconectar não adicionará nada e, como você faz a conexão lenta, pode fazer com que uma segunda conexão seja criada se você ou outro desenvolvedor cometer um erro e se desconectar na hora errada.

Dado isso, eu apenas permitiria que minha conexão fosse fechada automaticamente para mim. Suas páginas devem ser executadas rapidamente, portanto, manter a conexão por esse pequeno período de tempo não deve causar problemas.