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PDO não pode executar consultas enquanto outras consultas sem buffer estão ativas


Você precisa liberar sua conexão usando o método PDOStatement::closeCursor()

http://www.php.net/manual/en/pdostatement.closecursor .php

Eu acredito 
foreach($phones as $phone)
{
    $stmt = db::getInstance()->prepare("CALL phones(:phone)");
    $stmt->bindParam(':phone', $phone, PDO::PARAM_INT, 10);
    $stmt->execute();

    $stmt->closeCursor()

    $result[] = db::getInstance()->query("SELECT @phone;")->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
}

deveria fazer isso por você