Você pode tentar criar um índice UNIQUE de várias colunas com column_1, column_2 e active e, em seguida, definir active=NULL para as linhas em que a exclusividade não é necessária. Como alternativa, você pode usar gatilhos (veja a sintaxe do gatilho MySQL) e verifique para cada linha inserida/atualizada se esses valores já estão na tabela - mas acho que seria bastante lento.