O
--link sinalizador é considerado um recurso legado, você deve usar redes definidas pelo usuário. Você pode executar os dois contêineres na mesma rede:
docker run -d --name php_container --network my_network my_php_image
docker run -d --name mysql_container --network my_network my_mysql_image
Cada contêiner nessa rede poderá se comunicar entre si usando o nome do contêiner como nome do host.
