Não sei se entendi seu problema, mas por que você está usando um LEFT JOIN? A história soa mais como um INNER JOIN. Nada aqui exige uma UNIÃO.
[Edit] OK, acho que entendi o que você quer agora. Eu nunca tentei o que estou prestes a sugerir e, além disso, alguns bancos de dados não suportam (ainda), mas acho que você deseja uma função de janela.
WITH Y2 AS (SELECT Y.*, ROW_NUMBER() OVER (PARTITION BY A) AS YROW FROM Y),
Z2 AS (SELECT Z.*, ROW_NUMBER() OVER (PARTITION BY A) AS ZROW FROM Z)
SELECT COALESCE(Y2.A,Z2.A) AS A, Y2.C, Y2.D, Z2.E, Z2.F, Z2.G
FROM Y2 FULL OUTER JOIN Z2 ON Y2.A=Z2.A AND YROW=ZROW;
A ideia é imprimir a lista no menor número de linhas possível, certo? Portanto, se A1 tiver 10 entradas em Y e 7 em Z, obteremos 10 linhas com 3 com NULLs para os campos Z. Isso funciona no Postgres. Eu não acredito que essa sintaxe esteja disponível no MySQL.
Y:
a | d | c
---+---+----
1 | 1 | -1
1 | 2 | -1
2 | 0 | -1
Z:
a | f | g | e
---+---+---+---
1 | 9 | 9 | 0
2 | 1 | 1 | 0
3 | 0 | 1 | 0
Saída da declaração acima:
a | c | d | e | f | g
---+----+---+---+---+---
1 | -1 | 1 | 0 | 9 | 9
1 | -1 | 2 | | |
2 | -1 | 0 | 0 | 1 | 1
3 | | | 0 | 0 | 1
