As datas/horas são armazenadas no mysql da mesma maneira, independentemente de como são formatadas.

Acredito que o que você deseja fazer é recuperar a data em um formato especificado.

O DATE_FORMAT() fará isso para você.

http://dev .mysql.com/doc/refman/5.1/en/date-and-time-functions.html#function_date-format

%r e %T são formatos de 12 horas e 24 horas, respectivamente.