Os índices ocupam espaço na memória (RAM); Muitos ou muito grandes de índices e o banco de dados terá que trocá-los de e para o disco. Eles também aumentam o tempo de inserção e exclusão (cada índice deve ser atualizado para cada dado inserido/excluído/atualizado).

Você não tem memória infinita. Fazendo com que todos os índices caibam na RAM =bom.

Você não tem tempo infinito. Indexar apenas as colunas que você precisa indexar minimiza o impacto de desempenho de inserção/exclusão/atualização.