knittl estava mais próximo, em vez de binary(16) use varbinary(16) como user196009 respondido em uma pergunta relacionada. Funciona para mim. Como?
Armazenando IP:
<?php
$query = "insert into stats(vis_ip, id_stat) values('" . inet_pton('66.102.7.104') . "', '1')"; // google's IP address
// using a PDO wrapper. http://www.phpclasses.org/package/5206-PHP-Execute-database-queries-from-parameters-using-PDO.html
include_once 'db.php';
$c = new DB();
$visit = $c->getResults($query); // stored as binary
?>
Recuperando IP:
<?php
$query = "SELECT `vis_ip` FROM `stats` WHERE `id_stat`=1";
// PDO wrapper
include_once 'db.php';
$c = new DB();
$stats = $c->getRow($query);
echo inet_ntop($stats->vis_ip); // outputs 66.102.7.104
?>
Deve funcionar com endereços IPv6 (tenho uma conexão IPv4). Não sou especialista, então ainda não sei se o tamanho do varbinary está correto, mas como eu disse, funciona para mim.
Para verificar se o 'Suporte IPv6' está habilitado na sua versão/host do PHP:
<?php
phpinfo(INFO_GENERAL); // http://php.net/manual/es/function.phpinfo.php
?>