Dada alguma saída de 'status innodb' como esta:
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 1024, OS thread id 140386055603968
MySQL thread id 197, query id 771 localhost marc
show innodb status
você gostaria de fazer
KILL QUERY 771
para matar uma das duas consultas que estão em deadlock. Isso matará a consulta, mas deixará a conexão aberta. se você quiser matar a conexão, faça
KILL 197 . 
