É baseado em sessão, quando definido da maneira que você fez em sua pergunta.
https://dev.mysql.com/doc /refman/5.7/en/server-system-variables.html
De acordo com isso,
FOREIGN_KEY_CHECKS é "Ambos" para escopo. Isso significa que pode ser definido para sessão:SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
ou globalmente:
SET GLOBAL FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
