Da resposta que obtive aqui :
Você pode usar:
SET [GLOBAL|SESSION] sql_mode='NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO'
Que conforme descrito aqui , impedirá o MySQL de interpretar um ID INSERT/UPDATE de 0 como sendo o próximo ID de sequência. Tal comportamento será limitado a NULL.
É o que eu consideraria um comportamento muito ruim do aplicativo. Você terá que ter muito cuidado para que ele seja usado de forma consistente, especialmente se optar por implementar a replicação em uma data posterior.