Dois palpites:
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Executemysqladmin variables | grep socket
para obter onde o soquete está localizado e tente configurar uma conexão assim:
pymysql.connect(db='base', user='root', passwd='pwd', unix_socket="/tmp/mysql.sock")
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Executemysqladmin variables | grep port
e verifique se a porta é 3306. Caso contrário, você pode definir a porta manualmente assim:
pymysql.connect(db='base', user='root', passwd='pwd', host='localhost', port=XXXX)