Dois palpites:
-
Executemysqladmin variables | grep socketpara obter onde o soquete está localizado e tente configurar uma conexão assim:
pymysql.connect(db='base', user='root', passwd='pwd', unix_socket="/tmp/mysql.sock") -
Executemysqladmin variables | grep porte verifique se a porta é 3306. Caso contrário, você pode definir a porta manualmente assim:
pymysql.connect(db='base', user='root', passwd='pwd', host='localhost', port=XXXX)