O
./configure O comando faz parte do processo de compilação do código-fonte. Você pode compilar a partir da fonte ou instalar via gerenciador de pacotes. Eu acho que no seu caso o gerenciador de pacotes é preferível.
Como o gerenciador de pacotes reclama, você não pode ter ambos
php-mysql e php-mysqlnd instalado. Então você pode
yum remove php-mysql
antes
yum install php-mysqlnd
Em seguida, verifique o sucesso através
php -m | grep mysqlnd
ou
php -i | grep mysqlnd
