O banco de dados não é necessário na conexão jdbc, então você pode fazer algo como recomendado em http://forums.mysql.com/read.php?39,99321,102211#msg-102211 e http://marc.info/?l=mysql-java&m=104508605511590&w=2 :
Conn = DriverManager.getConnection
("jdbc:mysql://localhost/?user=root&password=rootpassword");
s=Conn.createStatement();
int Result=s.executeUpdate("CREATE DATABASE databasename");
