Mysql
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Conecte-se ao mysql no Amazon EC2 a partir de um servidor remoto


conforme mencionado nas respostas acima, pode estar relacionado a grupos de segurança da AWS e outras coisas. mas se você criou um usuário e deu acesso remoto '%' e ainda está recebendo este erro, verifique seu arquivo de configuração do mysql, no debian, você pode encontrá-lo aqui:/etc/mysql/my.cnf e encontre a linha:
bind-address            = 127.0.0.1

e altere para:
bind-address            = 0.0.0.0

e reinicie o mysql.

no debian/ubuntu:
/etc/init.d/mysql restart

Espero que isso funcione pra você.