Eu tive o mesmo problema que o título desta pergunta, portanto, caso alguém pesquise no Google sobre essa pergunta e queira iniciar o MySql no modo 'skip-grant-tables' no Windows, aqui está o que eu fiz.
Pare o serviço MySQL por meio de ferramentas de administrador, Serviços.
Modifique o arquivo de configuração my.ini (assumindo caminhos padrão)
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini
ou para a versão do MySQL>=5.6
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\my.ini
Na SEÇÃO DO SERVIDOR, em [mysqld], adicione a seguinte linha:
skip-grant-tables
para que você tenha
# SERVER SECTION
# ----------------------------------------------------------------------
#
# The following options will be read by the MySQL Server. Make sure that
# you have installed the server correctly (see above) so it reads this
# file.
#
[mysqld]
skip-grant-tables
Inicie o serviço novamente e você poderá fazer login no banco de dados sem uma senha.
