Você pode querer armazená-lo diretamente no sistema de arquivos.

Ao usar o sistema de arquivos, cuidado com:

• Confidencialidade: Coloque documentos fora do seu Apache Document Root. Em seguida, um controlador PHP seu produzirá documentos.
• Caminho fragmentado: não armazene milhares de documentos no mesmo diretório, faça diretórios diferentes. Você pode fragmentar com um Hash no nome do arquivo, por exemplo. Como /documents/A/F/B/AFB43677267ABCEF5786692/myfile.pdf.
• Número do inode: Você pode ficar sem inodes se armazenar muitos arquivos pequenos (pode não ser o seu caso se armazenar principalmente documentos PDF e de escritório).

Se você precisar pesquisar por esses documentos (data/título/etc...), talvez queira armazenar metadados em um banco de dados para obter melhores desempenhos.

Para sua informação, nesta questão O MS SQL Server tem FILESYSTEM tipo de coluna (como um híbrido), mas no momento MySQL não tem alternativa .