Mesmo que essa pergunta pareça ser bem antiga, postarei uma resposta para quem chegar aqui pesquisando.
SET @count = 0;
UPDATE `users` SET `users`.`id` = @count:= @count + 1;
Se a coluna for usada como chave estrangeira em outras tabelas, certifique-se de usar
ON UPDATE CASCADE em vez do padrão ON UPDATE NO ACTION para o relacionamento de chave estrangeira nessas tabelas. Além disso, para redefinir o
AUTO_INCREMENT count, você pode emitir imediatamente a seguinte declaração. ALTER TABLE `users` AUTO_INCREMENT = 1;
Para MySQLs, ele redefinirá o valor para
MAX(id) + 1 . 
