Os carimbos de data/hora no MySQL geralmente são usados ​​para rastrear alterações nos registros e geralmente são atualizados toda vez que o registro é alterado. Se você deseja armazenar um valor específico, deve usar um campo de data e hora.

Se você quis dizer que deseja decidir entre usar um timestamp UNIX ou um campo datetime nativo do MySQL, vá com o formato nativo. Você pode fazer cálculos dentro do MySQL dessa maneira("SELECT DATE_ADD(my_datetime, INTERVAL 1 DAY)") e é simples alterar o formato do valor para um timestamp UNIX ("SELECT UNIX_TIMESTAMP(my_datetime)") quando você consulta o registro se quiser operar nele com PHP.