Você pode definir um novo long_query_time no arquivo de configuração do MySQL, ou seja, my.cnf ou my.ini, normalmente localizado no diretório /etc. Basta adicionar a seguinte linha ao arquivo de configuração:
long_query_time = 5
A opção acima definirá o limite de consulta lenta ou longa como 5 segundos, o que significa que o MySQL capturará e registrará todas as consultas SQL que levaram mais de 5 segundos para executar e terminar de executar no arquivo de log.