RESOLVIDO!
Portanto, os métodos SQLiteQueryBuilder que retornam um Cursor não permitem o Boolean parâmetro diretamente.
No entanto, depois de ler as notas de aula, notei o método setDistinct e aplicou-o ao SQLiteQueryBuilder.
Agora funciona e me dá apenas uma entrada única para cada estado, exatamente o que eu estava tentando fazer. Eu precisei remover as outras colunas e focar apenas no estado, mas isso é outro problema/solução não relacionado a esta questão. Basta dizer que tive que me concentrar apenas no estado da coluna e aplicar o setDistinct a essa coluna apenas para obter o resultado desejado.
Segue o código completo:
public Cursor getData(){
SQLiteDatabase db = getReadableDatabase();
SQLiteQueryBuilder qb = new SQLiteQueryBuilder();
String [] sqlSelect = {"0 _id", "state"};
String sqlTables = "Reefs";
qb.setTables(sqlTables);
qb.setDistinct(true);
Cursor c = qb.query(db, sqlSelect, null, null, null, null, null);
c.moveToFirst();
return c;
}