Nesta situação, como devo usar SQLCipher?
Exatamente como uma implementação normal de sql.
Onde devo definir a senha?
Se você estiver usando o SQLiteHelper, ele criará o banco de dados quando você o obtiver pela primeira vez:
helper.getWriteableDatabase("myPassword");
Na primeira chamada, ele criará o banco de dados com esta senha. Nas próximas chamadas, só funcionará com esta senha.
(Descobri isso quando fui para a fonte:https://github.com/sqlcipher/android-database-sqlcipher/blob/master/android-database-sqlcipher/src/main/java/net/sqlcipher/database/SQLiteOpenHelper .java, verifique o método getWriteableDatabase( String pw )there!)
Onde devo usar loadLibs(context)?
Logo antes de você ligar
helper.getWriteableDatabase("myPassword"); pela primeira vez! 
